5分lncRNA研究典型思路
这里要分享的是一篇非编码基因在肿瘤中的研究，题为《LINC00184 plays an oncogenic role in non-small cell lung cancer via regulation of the miR-524-5p/HMGB2 axis》，2020年发表在JOURNAL OF CELLULAR AND MOLECULAR MEDICINE上，IF=5.3。
一、研究概述
首先，作者从TCGA数据库下载非小细胞肺癌（NSCLC）转录组测序数据，包含348例肿瘤样本，46例正常样本，生物信息学分析发现LINC00184在非小细胞肺癌中显著高表达，临床样本验证了这一结果。生存分析显示LINC00184高表达的患者生存期显著缩短，预后差。临床相关性分析显示，LINC00184与肿瘤TNM分期显著正相关。因此，LINC00184在非小细胞肺癌发生发展过程中可能扮演重要角色。
生信分析和数据库再次发挥重要作用。通过多数据库（PicTar、miRanda、TargetScan ）预测分析，筛选出若干调控LINC00184的miRNAs，再结合双荧光素酶报告实验（Luciferase assay）、RNA pull down实验，最终确定LINC00184靶向结合的是miR- 524- 5p。临床样本中miR- 524- 5p的表达量也LINC00184的表达量呈显著负相关。这些结果证明了LINC00184靶向结合miR- 524- 5p。我们都知道，lncRNA和miRNA都属于非编码RNA，不能直接发挥作用，需要调控编码基因才行。因此，再次通过生信分析预测到miR- 524- 5p的靶基因为HMGB2，Luciferase实验证实了该调控关系。初步形成了LINC00184/miR- 524- 5p/HMGB2的调控轴，再通过一些列实验，例如相关性分析、表达量分析、回复实验等进一步证实LINC00184/miR- 524- 5p/HMGB2调控轴。
最后，作者研究了LINC00184的体内功能实验，证明LINC00184在体内也具有促癌作用，进一步丰富完善了LINC00184的功能研究。但我个人感觉这样的顺序不对劲，体内功能实验一般紧跟在体外实验之后，而这篇研究却把体内、体外功能研究隔离开了，而且隔的很远。这中间穿插了LINC00184/miR- 524- 5p/HMGB2调控轴的机制阐述、临床样本的检测，还有回复实验。可能体内实验是投稿过程中补充的？也可能就是这么排序的？咱也不清楚，咱也不敢问啊。
1. 典型的5分研究思路
目的基因筛选、临床相关性研究、体内体外功能研究、分子机制阐述，一整套流程一气呵成。唯一的缺陷是只做了下调lncRNA的功能研究，上调lncRNA的功能研究也应该有，这样才更加严谨，更有说服力。
2. 生信分析真的很重要
生信分析在这篇文章中反复提到，lncRNA的筛选用到了生信分析，lncRNA的分子机制研究也用到了生信分析。生信分析可以为我们的研究节省很多成本，无论是经济成本还是时间成本。文中提到分析了TCGA数据库中348例肿瘤样本和46例正常样本的RNA-seq数据，如果这么多样本都需要我们自己搜集、测序，可想而知这需要很大一笔钱，而且需要很长时间去搜集，耗费大量人力物力。而利用生物信息学，结合公共数据库资源，就可以轻而易举地获得想要的结果，何乐而不为呢？
关键技术：生信分析、RNA干扰、luciferase、RNA pull down等
参考文献：Wang W, Li L, Zhao L. LINC00184 plays an oncogenic role in non-small cell lung cancer via regulation of the miR-524-5p/HMGB2 axis. J Cell Mol Med. 2021 Nov;25(21):9927-9938. doi: 10.1111/jcmm.16247. Epub 2021 Oct 15. PMID: 34651416; PMCID: PMC8572802.
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