RIP
RIP实验
RIP技术(RNA Binding Protein Immunoprecipitation,RNA结合蛋白免疫沉淀),是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能帮助我们发现miRNA的调节靶点。
RIP这种新兴的技术运用针对目标蛋白的抗体 <https://www.biomart.cn/category/10010101.htm>把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行PCR定量分析。RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA <https://www.biomart.cn/supply/1008010306.htm>-蛋白复合物,RIP实验的优化条件与ChIP实验不太相同(如复合物不需要固定,RIP反应体系中的试剂 <https://www.biomart.cn/supply/10010.htm>和抗体绝对不能含有RNA酶,抗体需经RIP实验验证等等)。
RIP-seq是RIP与高通量测序相结合的技术,通过免疫沉淀目标蛋白来捕获蛋白体内结合的RNA,将捕获的RNA进行高通量测序,分析目的蛋白在体内结合的RNA的动态变化,阐述目的蛋白对基因表达调控的分子机制。RIP不仅能研究miRNA与蛋白的作用,还可以研究lncRNA与蛋白的互作。
RIP具体实验流程如下:

RIP实验步骤
1. 细胞裂解
2. 磁珠准备
3. RNA结合蛋白免疫沉淀
4. RNA纯化
5. RT-PCR检测
实验结果示例

